खत म्हणून वापरल्यास खताचे काही संभाव्य तोटे आहेत. त्यात तण आणि कीटक बिया, उंदीर आणि इतर कीटक आणि ई. कोलाय सारखे रोगजनक असू शकतात . योग्य व्यवस्थापन न केल्यास ते प्रदूषणास कारणीभूत ठरू शकते, कारण खत पृष्ठभागावर किंवा भूजलात जाऊ शकते.